PAMJ merujuk kepada simbol atau lambang yang digunakan oleh petubuhan. Ia bagi menunjukkan identitinya sebagai sebuah pertubuhan anak negeri. Simbol-simbol tersebut melambangkan tujuan dan matlamat penubuhannya. Ia dipengaruhi oleh lambang negeri Johor, agama Islam serta ciri-ciri siasah dan alam semulajadi yang terdapat di negeri ini. Warna biru laut memenuhi sebahagian besar lambang dan warna merah cerah berbentuk perlembagaan yang mengawal urusan persatuan manakala, bahagian berwarna biru pula bermaksud Jawatankuasa dan ahli-ahli yang saling bekerjasama dalam semangat ukhwah yang tinggi.Tiga titik hitam berbentuk mata tombak diatas huruf “J” menunjukkan persatuan sentiasa bergerak maju dengan teratur. Tulisan jawi diatas kotak merah mengambarkan agama islam sentiasa dijunjung manakala tulisan rumi menggambarkan ilmu dipelbagai bidang menjadi keutamaan